Una serie de irregularidades detectó la Contraloría General tras auditar las acciones de control que la Dirección Regional Aduana Metropolitana efectúa a las mercancías que ingresan al país desde el Aeropuerto Arturo Merino Benítez de Santiago. En el informe final N° 535/2024, el órgano contralor detalla que el "Subdepartamento de Ingreso de Mercancías no dispone de un scanner para efectuar la revisión de estas, realizando los exámenes de manera visual, lo que aumenta el riesgo del ingreso de drogas, armas o mercancías ilícitas".
También se constató que "pese a que entre 2019 y 2023 hubo un incremento en las operaciones de ingresos de mercancía, no se evidenció un aumento en la dotación de personal destinado al cumplimiento de estas funciones. Así, en particular durante 2023, la fiscalización de las internaciones alcanzó solo un 0,059%, equivalentes a 4.081 documentos tramitados, de un total 6.823.515". Se validó además que algunos despachadores, en ocasiones, y otros, de forma reiterada, "no permiten la revisión de mercancía. Sin embargo, la autoridad no les ha cursado las multas y sanciones que procederían de acuerdo con la Ordenanza de Aduanas". Asimismo, se advirtió la existencia de agentes de aduanas que, de forma reiterada, gestionaron importaciones en las cuales se notificaron infracciones por incumplimiento reglamentario y contrabando, sin que se les haya cursado multa, sanciones, suspensiones o medidas disciplinarias. Igualmente, la auditoría de la Contraloría determinó que "de las fiscalizaciones de operaciones sospechosas de mercancías ilegales, como armas y municiones, no queda constancia documentada de la asistencia y apoyo técnico de un armero especialista de la Dirección General de Movilización Nacional".